隨馬太鞍堰塞湖在7月26日形成,因堰塞湖的湖面面積高達137公頃,滿水位時水量高達9100萬立方公尺,量體極為龐大,中央立刻召開跨部會小組並分工,林業保育署負責監測,花蓮縣府則負責當地民眾疏散撤離工作,林業保育署更和花蓮縣府人員成立網路通訊群組,以即時告知堰塞湖最新情況,並多次舉行會議。
知情人士指出,在相關會議中,因花蓮縣府最清楚當地居民與戶政狀況,中央一直呼籲花蓮縣府盡速制訂完整的疏散計畫,但花蓮縣府卻曾在會議中僅派沒有事權或決定權的人員來參加且在會議中一問三不知,頻稱自己只是被縣府派來開會,無法決定任何事情,知情人士表示,當時與會人士都非常吃驚花蓮縣府的態度,但也只能呼籲、建議花蓮縣府盡速擬定撤離計畫,而花蓮縣府則在9月11日才發公文,在9月17日由相關單位舉行「花蓮縣馬太鞍溪上游堰塞湖疏散撤離因應對策研擬及推動專案小組分工會議」。
隨樺加沙颱風外圍環流帶來豪雨,馬太鞍堰塞湖23日下午2時50分溢流,而農業部林業保育署則在22日上午7時就發布紅色警戒,建議花蓮縣府立刻執行撤離當地居民工作。